Fuente Original: http://symfoniac.blog.com/2007/05/28/how-to-fix-a-manually-deleted-plugin-directory

Al momento de desinstalar un plugin, no es simplemente eliminar el directorio, hay que usar el comando plugin-uninstall

Si después de borrar el directorio se ejecuta symfony plugin-list , el plugin sigue apareciendo como instalado. Además, tampoco se puede volver a instalar el plugin porque PEAR indica que ese plugin ya está instalado.

La razón es que cada plugin que se instala, crea un archivo de tipo .reg en  el registro de PEAR. Por tanto, para desinstalar completamente un plugin, no solo se debe borrar su directorio, sino que también es necesario eliminar el archivo de registro que se encuentra en  plugins/.registry/.channel.pear.symfony-project.com/[nombre_plugin].reg

El comando sería (Ejemplo: sfThumbnailPlugin)

rm plugins/.registry/.channel.pear.symfony-project.com/sfthumbnailplugin.reg